Осложнения развиваются в основном при тяжелом течении трихинеллеза. Угнетение иммунной системы, особенно выраженное в ранней стадии, может сопровождаться присоединением или активацией бактериальной инфекции. Сердечно-сосудистая недостаточность, циркуляторные коллапсы чаще возникают у людей пожилого возраста. Тяжелое поражение сердца, легких, ЦНС является основной причиной смерти. Могут развиваться длительно сохраняющиеся психические расстройства на фоне дистрофических изменений в ЦНС. При тяжелом течении почти закономерно возникают изменения в печени в виде белковой и жировой дистрофии, но в большинстве случаев они полностью исчезают после соответствующего лечения. Очаговые изменения в легких могут завершаться формированием фиброза.У отдельных больных выявляются признаки эрозивно-язвенного гастро-дуоденита. При тяжелом течении могут возникать флеботромбоз сосудов конечностей, тромбоз сосудов головного мозга с развитием геми- и параплегии.

При неосложненном трихинеллезе прогноз вполне благоприятен. При тяжелом течении с органными и системными поражениями летальность может достигать 10—30 %.