Прогноз лямблиоза благоприятен, с возрастом повторные заражения в связи с развившимся иммунитетом наступают реже, и инвазия заканчивается самопроизвольно. У ослабленных детей раннего возраста, а также у детей с иммунодефицитами (агаммаглобулинемия, низкая продукция иммуноглобулина А, подавление Т-системы иммунитета) лямблиоз может принимать затяжное течение с упорной диареей, что требует специфической и иммуностимулирующей терапии.