Новорожденные и дети первого года жизни инфицируются лямблиями крайне редко. Заболевание у них протекает бессимптомно или с кратковременной диареей, что принято объяснять высоким уровнем секреторных иммуноглобулинов, передаваемых с молоком матери.

Осложненное течение лямблиоза в виде затянувшейся диареи, приступов но типу желчной колики с высокой лихорадкой связаны с сопутствующей патогенной флорой кишечника, желчных путей, кандидозом кишечника у детей, ослабленных или получавших чрезмерное количество химиопрепаратов. Сочетание лямблиоза у детей с кишечными гельминтозами не приводит к отягощению протозойной инвазии. Напротив, при гельминтозах, сопровождающихся выраженной воспалительной реакцией в кишечнике (стронгилоидоз, трихинеллез), создаются неблагоприятные условия существования лямблий у ребенка.