Лямблиоз дифференцируют с холепатиями и гастроэнтероколитами инфекционной и неинфекционной этиологии. Холепатии у детей, не связанные с лямблиозом, протекают с выраженным болевым синдромом с четкой локализацией болей в области правого подреберья, более длительной лихорадочной реакцией, с лейкоцитозом, увеличением СОЭ, отсутствием эозинофилии. От амебного колита лямблиоз отличает отсутствие упорных поносов, примеси кровянистой слизи в фекалиях, тенезмов, признаков интоксикации. Водянистая диарея, характерная для криптоспоридиоза, при лямблиозе практически не встречается. Следует иметь в виду, не обнаружение лямблий не является обязательным подтверждением связи выявленной патологии с инвазией. Необходимо тщательное исключение других, более серьезных этиологических факторов или системных нарушений деятельности органов пищеварения.