Важное место в профилактике описторхоза занимают мероприятия, направленные на уничтожение паразита и выключение факторов его передачи, защиту водоемов от фекальных загрязнений. Уничтожение возбудителя достигается главным образом путем выявления всех инвазированных описторхозом лиц и проведения дегельминтизации. Обследованию в первую очередь подлежат рыбаки, работники рыбной промышленности, лица с заболеваниями желчевы-водящих путей и поджелудочной железы, проживающие вдоль берегов рек. Существенным, наиболее доступным и простым методом профилактики является исключение из пищи сырой, малосоленой, вяленой и недостаточно термически обработанной рыбы семейства карповых. При этом учитывается, что метацеркарии хорошо переносят замораживание и могут оставаться живыми даже в замороженной рыбе и ее продуктах до 15—20 дней, но погибают при воздействии высоких температур и крепкого посола.

Важная роль в профилактике описторхоза отводится уничтожению моллюсков — битиний, являющихся промежуточным хозяином. С этой целью используют различные моллюскоциды (никлозамид, юримин и др.) и биологические методы (заселение водоемов естественными врагами моллюсков).