Возможны развитие абсцесса печени, гнойного холангита, прорыв содержимого абсцесса в брюшную полость, через диафрагму — в полость плевры, бронх, полость перикарда с развитием перитонита, эмпиемы плевры, перикардита. Тяжелым осложнением альвеококкоза является метастазирование в легкие, головной мозг, почки, реже в другие органы. При этом метастатические пузыри иногда дают яркую клиническую симптоматику и диагностируются раньше, чем первичный процесс. Возможно развитие пиелонефрита, гломерулонефрита, амилоидоза почек. В терминальной стадии часто бывает кахексия.

Исходы в значительной степени определяются локализацией и быстротой роста паразитарного узла.